Identificació en silico del lloc de fixació de l’ARN de la proteïna ARN PTBP1: Descobriment de patrons utilitzant el RSAT Eina mitjançant DataClip-Seq Public

Resum: El PTBP1 és una proteïna d’enllaç ARN que participa activament en la regulació del splicing alternatiu. Contribueix al desenvolupament de l’ARN madur formant complexos amb ARN pre-missatger utilitzant quatre patrons d’enquadernació, anomenats RRMs. La identificació dels llocs d’adhesió PTBP1 passa pel mètode CLIP-SEQ que detectarà les seqüències RNNA relacionades amb la proteïna. A continuació, una anàlisi de descobriment permet caracteritzar els senyals biològics presents al conjunt de seqüències de clip-seq. L’objectiu biològic d’aquest estudi es refereix a PTBP1 CLIP-SEQ Processament de dades públiques mitjançant mètodes d’anàlisi recents per perfeccionar el reconeixement de patrons de fixació PTBP1. El propòsit és millorar la predilitat en silico de la fixació del PTBP1 en RNA. Un segon objectiu metodològic és explorar l’eina “Peak-Motif” de la suite de programari RSAT, dedicat al descobriment de patrons, a les dades de PTBP1 Clip-Seq. Aquesta anàlisi va provocar la construcció de diversos conjunts de dades positius i negatius per refinar la cerca de patrons. Els nostres resultats demostren la compatibilitat RSAT, dissenyada inicialment per a l’anàlisi de xip-seq, dades de clip-seq. La millora dels jocs positius i negatius ens ha ajudat a discriminar de moltes coses sobreentrades a les anàlisis. Els experiments addicionals de gens de destinació coneguts del PTBP1 pretenen validar els motius identificats durant aquest estudi.

Deixa un comentari

L'adreça electrònica no es publicarà. Els camps necessaris estan marcats amb *