Identificación en Silico del sitio de fijación de ARN de la proteína de ARN PTBP1: Descubrimiento de los patrones utilizando el RSAT Herramienta a través de DataClip-SEQ Public

Resumen: El PTBP1 es una proteína de unión de ARN que participa activamente en la regulación del empalme alternativo. Contribuye al desarrollo del ARN maduro formando complejos con ARN preesteriores utilizando cuatro patrones de unión, llamados RRMS. La identificación de los sitios de fijación PTBP1 pasa a través del método CLIP-SEQ que detectará las secuencias de RNNA relacionadas con la proteína. Luego, un análisis de descubrimiento hace posible caracterizar las señales biológicas presentes en el conjunto de secuencias de clip-SEQ. El objetivo biológico de este estudio se refiere a PTBP1 Clip-SEC Procesamiento de datos públicos utilizando métodos recientes de análisis para refinar el reconocimiento de los patrones de fijación de PTBP1. El propósito es mejorar la predilidad en el silico de la fijación del PTBP1 en los ARN. Un segundo objetivo metodológico es explorar la herramienta «Pico-motivo» de la suite de software RSAT, dedicada al descubrimiento de patrones, en los datos PTBP1 Clip-SEC. Este análisis condujo a la construcción de varios conjuntos de datos positivos y negativos para refinar la búsqueda de patrones. Nuestros resultados demuestran la compatibilidad con RSAT, diseñados inicialmente para el análisis de CHIP-SEQ, los datos CLIP-SEQ. Mejorar los juegos positivos y negativos nos ha ayudado a discriminar a las muchas cosas sorprendidas en los análisis. Los experimentos adicionales de los genes objetivo conocidos del PTBP1 tendrán como objetivo validar las razones identificadas durante este estudio.

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