Identificación en silicio do sitio de fixación de ARN da ARN Proteína PTBP1: Discovery of Patterns usando o RSAT ferramenta a través de DataClip-Seq Public

Resumo: o PTBP1 é unha proteína de unión ARN que participa activamente na regulación do splicing alternativo. Contribúe ao desenvolvemento do ARN maduro formando complexos con ARN pre-Messenger usando catro patróns de unión, chamados Rrms. A identificación dos sitios de anexos PTBP1 pasa polo método de clip-seq que detectará as secuencias RNNA relacionadas coa proteína. A continuación, unha análise de descubrimento fai posible caracterizar os sinais biolóxicos presentes no conxunto de secuencias de clip-seq. O obxectivo biolóxico deste estudo refírese a PTBP1 clip-seq procesamento de datos públicos que utilizan métodos recentes de análise para refinar o recoñecemento dos patróns de fixación PTBP1. O obxectivo é mellorar a predilidade en silicio da fixación do PTBP1 en ARN. Un segundo obxectivo metodolóxico é explorar a ferramenta “Peak-Motif” da suite de software RSAT, dedicada ao descubrimento de patróns, en datos de PTBP1 clip-seq. Esta análise levou á construción de varios conxuntos de datos positivos e negativos para refinar a busca de patróns. Os nosos resultados demostran a compatibilidade RSAT, inicialmente deseñada para a análise de chip-seq, os datos de clip-seq. Mellorar os xogos positivos e negativos axúdanos a discriminar de moitas cousas superrepentidas nas análises. Os experimentos adicionais dos xenes obxecto de aprendizaxe coñecidos do PTBP1 pretenden validar os motivos identificados durante este estudo.

Deixa unha resposta

O teu enderezo electrónico non se publicará Os campos obrigatorios están marcados con *