Identificação no Silico do local de fixação do RNA da proteína RNA PTBP1: Descoberta de padrões usando o RSAT Ferramenta via DataClip-SEQ pública

Resumo: O PTBP1 é uma proteína de ligação de RNA que participa ativamente da regulação da respicação alternativa. Contribui para o desenvolvimento de RNA maduro, formando complexos com RNA pré-mensageiro usando quatro padrões de ligação, chamados rrms. A identificação dos sites de fixação PTBP1 passa pelo método Clip-SEQ que detectará as seqüências de RNNA relacionadas à proteína. Em seguida, uma análise de descoberta permite caracterizar os sinais biológicos presentes no conjunto de seqüências do clipe-seq. O objetivo biológico deste estudo diz respeito ao processamento de dados públicos do PTBP1 Clip-Seq usando métodos recentes de análise para refinar o reconhecimento de padrões de fixação PTBP1. O objetivo é melhorar a prededibilidade no silico da fixação do PTBP1 em RNAS. Um segundo objetivo metodológico é explorar a ferramenta “Peak-Motif” da Suíte de Software RSAT, dedicada à descoberta de padrões, em dados de clip-seq PTBP1. Esta análise levou à construção de vários conjuntos de dados positivos e negativos para refinar a busca por padrões. Nossos resultados demonstram compatibilidade RSAT, inicialmente projetado para análise Chip-SEQ, dados de clipeq. Melhorar jogos positivos e negativos nos ajudou a discriminar de muitas coisas super-representadas nas análises. Experiências adicionais de genes alvo conhecidos do PTBP1 visarão validar as razões identificadas durante este estudo.

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