Identificazione in Silico del sito di fissaggio dell’RNA della PTBP1 del RNA PTBP1: Discovery of Patterns usando il RSAT Strumento tramite DataClip-Seq Public

Summary: PTBP1 è una proteina vincolante dell’RNA che partecipa attivamente alla regolazione della giunzione alternativa. Contribuisce allo sviluppo dell’RNA maturo formando complessi con RNA pre-messenger utilizzando quattro modelli vincolanti, chiamati RRMS. L’identificazione dei siti di allegatura PTBP1 passa attraverso il metodo Clip-Seq che rileverà le sequenze di RNNA relative alla proteina. Quindi, un’analisi della scoperta consente di caratterizzare i segnali biologici presenti nel set di sequenze di clip-seq. L’obiettivo biologico di questo studio riguarda l’elaborazione dei dati pubblici di Clip-Seq PTBP1 utilizzando metodi di analisi recenti per affinare il riconoscimento dei modelli di fissaggio PTBP1. Lo scopo è quello di migliorare la predissione in silico del fissaggio del PTBP1 su RNA. Un secondo obiettivo metodologico è quello di esplorare lo strumento “Peak-Motif” della suite del software RSAT, dedicata alla scoperta dei modelli, sui dati di clip-Seq PTBP1. Questa analisi ha portato alla costruzione di diversi set di dati positivi e negativi per perfezionare la ricerca di modelli. I nostri risultati dimostrano la compatibilità RSAT, inizialmente progettata per l’analisi dei chip-seq, i dati del clip-seq. Migliorare i giochi positivi e negativi ci ha aiutato a discriminare molte cose sovrappresentate nelle analisi. Ulteriori esperimenti dei geni bersaglio noti del PTBP1 mireranno a convalidare le ragioni identificate durante questo studio.

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