Identificarea în silico a site-ului de fixare ARN al proteinei ARN PTBP1: Descoperirea modelelor prin utilizarea RSAT Instrumentul prin datataclip-SEQ public

Rezumat: PTBP1 este o proteină legată de ARN care participă activ la reglarea splicingului alternativ. Contribuie la dezvoltarea ARN-ului matur prin formarea complexelor cu ARN de pre-mesager folosind patru modele de legare, numite RRMS. Identificarea siturilor de atașare PTBP1 trece prin metoda Clip-SEQ care va detecta secvențele de RNNA legate de proteină. Apoi, o analiză de descoperire face posibilă caracterizarea semnalelor biologice prezente în setul de secvențe clip-seq. Obiectivul biologic al acestui studiu se referă la prelucrarea datelor publice PTBP1 utilizând metodele recente de analiză pentru a rafina recunoașterea modelelor de fixare PTBP1. Scopul este de a îmbunătăți predimensiunea în silico a fixării PTBP1 pe ARN-uri. Un al doilea obiectiv metodologic este de a explora instrumentul „Peak-motiv” al suitei de software RSAT, dedicat descoperirii modelelor, pe datele PTBP1 Clip-SEQ. Această analiză a condus la construirea mai multor seturi de date pozitive și negative pentru a rafina căutarea modelelor. Rezultatele noastre demonstrează compatibilitatea RSAT, proiectată inițial pentru analiza CHIP-SECV, Date Clip-SEQ. Îmbunătățirea jocurilor pozitive și negative ne-a ajutat să discriminem de multe lucruri suprareprezentate în analize. Experimentele suplimentare din genele țintă cunoscute ale PTBP1 vor vizita validarea motivelor identificate în timpul acestui studiu.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile obligatorii sunt marcate cu *